Guntershausen wurde erstmals im Jahr 1291 unter dem Namen Gundhartzhusen schriftlich erwähnt. Im Jahr 1346 verkaufte Freiherr Friedrich von Bussnang Guntershausen an den Konstanzer Bürger Rudolf Ruch. Nach einigen Besitzerwechseln kam das Niedergericht Guntershausen im Jahr 1553 an die Herrschaft Bürglen, welche von 1579 bis 1798 zur Stadt St. Gallen gehörte.

Nebst einigen Ackerbaubetrieben waren in Guntershausen im 19. Jahrhundert zudem Kleingewerbebetriebe wie Mühlen, eine Schmiede und eine Kattunweberei ansässig. Gemäss der Geschichtsschreibung hat Jakob Farner aus Stammheim um 1830 die Mühle Guntershausen mit Beimühle, Sägerei und grossem Landwirtschaftsgut käuflich erworben. Seine jüngste Tochter Caroline Farner war, nach Frau Dr. Maria Heim-Vögtlin, die zweite Ärztin in der Schweiz. Die Geschichte der ehemaligen Mühle Guntershausen und Caroline Farner wurde Ende 2011 zusammengetragen und kann auf der Homepage der Gemeinde Berg nachgelesen werden.